解决docker镜像拉取问题
docker拉取镜像的时候经常断,之前解决过一次,结果忘了,又折腾一遍。所以写个短小的笔记记录一下
首先遇到了这个问题:
1ailed to solve: nginx:alpine: failed to copy: httpReadSeeker: failed open: failed to do request: Get "https://production.cloudflare.docker.com/registry-v2/docker/registry/v2/blobs/sha256/cb/cb8f91112b6b50ead202f48bbf81cec4b34c254417254efd94c803f7dd718045/data?verify=1730801617-FU3heZxDeHwA43OyZBn3i%2BkKwM0%3D": dialing production.cloudflare.docker.com:443 matches manual override exclude: connecting to 173.252.108.3:443: dial ...
在WSL2中安装SPM12 Standalone
在这个链接下载MATLAB Compiler Runtime
在这个连接下载SPM Standalone
运行./MCRInstaller.bin的时候遇到 No Java Runtime Environment(JRE) was found on this system. 使用sudo apt install openjdk-11-jre尝试解决,发现解决不了!可以去看这个讨论
绝妙口诀一览
网罗医学绝妙口诀
头孢代数口诀
坐着拉大便
坐:头孢唑林
拉:头孢拉定
便:头孢氨苄、头孢羟氨苄
克夫多可惜
克:头孢克洛
夫:头孢呋辛
多:头孢孟多
他派我去出差
他:头孢他啶
派:头孢哌酮
我:头孢克肟
去:头孢曲松
比我厉害
比我:头孢吡肟、头孢匹罗
脑出血MRI信号转变3-7法则:I Bleed, I Die, Bleed Die, Bleed Bleed, Die Die
分期
出血时间
T1
T2
超急性期
<7h
等信号Isointense, I
高信号Bright, B
急性期
3h-3d
I
D
亚急性早期
3d-7d
B
D
亚急性晚期
7d-3w
B
B
慢性期
>3w
D
D
影像征象
牛眼征:转移性肝癌典型表现
ADNI学习笔记
有关诊断相关的内容,可以参考这个链接或者前往ADNIMERGE搜索对应的表格。
记录一次tf缺少cuDNN dll的问题
使用tensorflow的时候遇到了这个问题:Loaded cuDNN version 8302 Could not load library cudnn_cnn_infer64_8.dll. Error code 126
但实际上我已经把cudnn_cnn_infer64_8.dll加到环境变量中去了。
这可能是由于tf和cuDNN版本不匹配造成的问题。
可以考虑强行引入动态链接库:
12import ctypesctypes.WinDLL('path/to/cudnn_cnn_infer64_8.dll')
这样tf就可以正常训练啦!
自动Centiloid计算工具笔记
因为做科研需要大量计算Centiloid指标,遂尝试编写一款简单的portable小程序,研究发现技术栈用cpp比较合适,研究过程记录如下。
关键步骤重点参考了CMU的课程Methods in (Bio)Medical Image Analysis
编译SimpleITK
编译SITK可以参考下面两篇文章
SITK官网教程
CMU入门课程
下面开始进行SimpleITK的安装
git clone https://github.com/SimpleITK/SimpleITK.git到本地
根目录名称不能太长,Windows下对路径有最大长度限制(~260),而SITK里面嵌套的目录很长
C++的包管理似乎都是在本地的,不像python有pip那么方便
进行out-of-tree-build
简单说,in-tree-build就是先写代码,然后吧代码跟sitk一起编译,这种方法可以修改sitk原始代码,但是容器引起混乱
out-of-tree-build是先把代码编译成二进制,然后再使用
sitk源码路径./SimpleITK
目标编译路径./S ...
MOT格式笔记
需要注意的是
MOT的标准格式为frame, id, x, y, w, h, …
mmdetection/segTracker的返回一般为xyxy
SuStaIn学习笔记
问题
对于慢性病而言,疾病有自身的亚型差异与演进过程。
然而,横断面研究只能捕获某一瞬间某个个体的患病情况。
我们该如何根据许多个横断面,同时推测人群中的个体所患疾病的亚型,以及疾病的演进过程?
SuStaIn
我们定义,如果某种疾病的某些标志物以某一种特定形式演进,那它就构成一种亚型。
对于个体jjj,我们可以测量生物标志物iii,得到观测xijx_{ij}xij,我们的数据集可以表示为Xxij∣i=1,⋯ ,I,j=1,⋯ ,JX{x_{ij}|i=1, \cdots, I,j=1, \cdots, J}Xxij∣i=1,⋯,I,j=1,⋯,J。如果生物标志物iii提示了异常(或者指示了某个事件),就记作EiE_iEi。
我们想计算在这个群体中事件发生的顺序SSS,可以使下面的式子概率最大
P(X∣S)=∏j=1J[∑k=0I(P(k)∏i=1kP(xij∣Ei)∏i=k+1IP(xij∣¬Ei))]P(X|S) = \prod_{j=1}^J\left[\sum_{k=0}^I\left(P(k)\prod_{i=1}^kP\left(x_{ij}|E_i\right)\p ...
生信生存指南
Gene Ontology Analysis
GO分析用于回答一个简单而关键的问题:
“Given a list of genes found to be differentially expressed in my phenotype (e.g. disease) vs. control (e.g. healthy), what are the biological processes, cellular components and molecular functions that are implicated in this phenotype?”
GO富集分析:假如我有200个基因,我去数据库里找这200个基因都有什么功能。假如200个基因里160都跟细胞分裂有关,就有一定把握认为,这种疾病可能与细胞分裂有关。
需要注意的是,不能简单的用计数方法来评判哪些生物过程更重要,因为不同生物过程复杂程度不一样,一些生物过程可能涉及海量基因,另一些可能只涉及几个基因!
Gene Set Enrichment Analysis(GSEA)分析:假如你在研究某种心脏病(例如畸形),你从病 ...
访问者模式
访问者模式可以将算法与其操作的对象类进行解耦。这种模式通过构建一个新的Visitor类,以防止新功能被整合进已有的类中(至少以更小的代价被整合进已有类中)。
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